Un motore di ricerca per studiare il genoma del Coronavirus

ViruSurf è stato sviluppato al Politecnico di Milano dal gruppo di ricerca guidato Stefano Ceri. Raccoglie i dati relativi al sequenziamento del Coronavirus (e non solo) in tutto il mondo, per studiarne e prevederne le mutazioni.

Dall’inizio della pandemia, i laboratori di tutto il mondo raccolgono e sequenziano il materiale genetico prelevato con i tamponi di persone affette da COVID-19. Si tratta di un’enorme quantità di dati di fondamentale importanza per capire come il virus stia evolvendo o possa farlo in futuro. Per raccogliere questi dati in un unico database utilizzabile da tutti, un gruppo di ricerca del Politecnico di Milano guidato dal Prof. Stefano Ceri ha sviluppato ViruSurf, un motore di ricerca che opera su un database centralizzato archiviato Politecnico e che contiene, a oggi, 200.516 sequenze di SARS-CoV-2 (oltre a 33.256 sequenze di altre specie virali associate ad epidemie che colpiscono l’uomo, come SARS, MERS, Ebola e dengue). L’interfaccia web di ViruSurf è open access (si trova a questo link) e consente di inserire le query di ricerca combinando diversi parametri. È inoltre in grado di impiegare un algoritmo per il calcolo delle mutazioni virali, via cloud computing.

ViruSurf nasce sulla scia del progetto GeCo, finanziato dall’European Research Council (ve ne abbiamo parlato nel MAP#5). Il prof. Ceri commenta per Science Business: “Avevamo già sviluppato un motore di ricerca per dataset che descrivono il genoma umano, chiamato GenoSurf; all’inizio della pandemia, non esisteva un tale sistema per le sequenze virali. Per comprenderne meglio le esigenze, abbiamo intervistato una ventina di virologi esperti da tutto il mondo. Il risultato è un sistema di facile utilizzo: qualsiasi ricercatore può connettersi ad esso ed eseguire domande, ad esempio, su quando è iniziata una mutazione virale e su come si è diffusa nel mondo” (fonte).

Un paper su questo progetto è disponibile su Nucleic Acids Research.

Scopri il progetto GeCo sul MAP #5

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